1、好氧菌：亦稱需氧菌、需氧微生物。在有氧環境中生長繁殖，氧化有機物或無機物的產能代謝過程，以分子氧為最終電子受體，進行有氧呼吸。包括大多數細菌、放線菌和真菌。 進行有氧呼吸，但沒有線粒體。如：鏈霉素、紅霉素、弗蘭克氏菌。
2、微好氧菌：性質：僅能在較低氧分壓下正常生活的微生物。正常大氣的氧分壓為0.2Pa，而微好氧菌僅生活在0.01～0.03Pa下。例如發酵單胞菌屬和彎曲桿菌屬等。如： 醋桿菌屬、 嗜酸菌屬 、酸單胞菌屬、熱酸菌屬、土壤單胞菌屬、產堿菌屬、交替單胞菌屬、氨基桿菌屬(胺桿菌屬)、水螺菌屬、氮單胞菌屬、固氮根瘤菌屬、固氮菌屬
3、耐氧厭氧菌：代表菌種為溶組織梭菌。這類細菌不能利用氧，在無氧條件下生長好，而在有氧條件下生長不佳。如：破傷風芽胞桿菌。
4、專性厭氧菌：是指在無氧的環境中才能生長繁殖的細菌。此類細菌缺乏完善的呼吸酶系統，只能進行無氧發酵，不但不能利用分子氧，而且游離氧對其還有毒性作用。如破傷風桿菌、肉毒桿菌、產生莢膜桿菌等。只能在沒有游離氧存在的環境中生存的微生物。甲烷菌即屬此類細菌。人們利用甲烷菌等產生沼氣，利用厭氧菌處理各種有機廢物和廢水。
5、兼性厭氧菌又稱兼嫌氣性微生物，兼嫌氣菌。在有氧或無氧環境中均能生長繁殖的微生物。在有氧（O2）或缺氧條件下，可通過不同的氧化方式獲得能量。如酵母菌在有氧環境中進行有氧呼吸，在缺氧條件下發酵葡萄糖生成酒精。許多腸道細菌，如大腸桿菌等均屬此類。兼性厭氧菌 兼有需氧呼吸和無氧發酵兩種功能，不論在有氧或無氧環境中都能生長，但以有氧時生長較好。大多數病原菌屬于此。
